植物基因信息库

随着测序技术和生物信息技术的快速发展,功能基因研究已进入大数据时代。基于生物信息大数据和多组学的基因数据分析挖掘,已成为生命科学研究的重要手段。

经瑞科基因多年收集整理,基因信息库现包含过万份拟南芥测序样本和水稻测序样本,以及数千份玉米和大豆样本测序样本,测序范围包括因组测序,转录组测序,非编码RNA测序,甲基化测序等。为实现对数据的深入分析,我们采用创新的多组学生物信息分析方法和Science Gene Engine高性能计算集群,在基因功能研究,基因转录和表达调控,遗传进化等领域进行数据深入分析。

基因信息库根据科学研究主流方向设计,整合多组学数据,为生命科学研究提供有力的数据支持。

样本数量

Oryza sativa(23054)
Arabidopsis thaliana(19801)
Zea mays(6785)
Glycine max(3014)

应用领域

功能基因突变位点

目前已根据数千株水稻全基因组测序数据建立水稻的SNP和Indel数据库,数据库的建立依据瑞科基因6年水稻分析经验设计的SNP与Indel检测方法,数据可靠性高。数据可用于候选基因突变位点分析,种间差异分析,功能基因研究等。

小RNA及作用位点

miRNA和其他非编码RNA的研究一直是水稻基因调控研究的重点研究领域,目前已知水稻miRNA数量仅为689种(来源于miRBase)。我们从众多miRNA测序数据中,检测到更多数量的miRNA序列,并预测其靶基因,为功能基因研究提供数据基础。

甲基化调控位点

DNA甲基化作为表观遗传学研究的重点内容,基于高通量测序可精确检测基因的甲基化位点和甲基化水平。根据已测序水稻数据,我们精确地分析了水稻潜在的甲基化调控相关位点。

科技服务

瑞科基因致力于提供最优秀的高通量测序和数据分析服务。

测序之上,让数据更有价值。

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高通量测序与基因组分析

指不依赖于参考信息对某个物种全基因组进行高通量测序和基因组序列组装,适用于新物种的基因组研究,功能基因研究,系统进化等。

系统进化与种质资源研究

采用重测序技术对全基因组,外显子组,某个特定的基因片段进行高通量测序和变异检测。适用于功能基因研究,复杂疾病研究,物种系统进化等。

宏基因组/16S/18S测序

使用高通量测序技术对混合微生物DNA,细菌的16SDNA,真菌的18SDNA进行测序和数据分析。适用于微生物种群结构研究,微生物与宿主/环境间的合作关系研究等。

RNA测序分析

对mRNA,非编码RNA进行反转录和高通量测序。研究基因表达水平变化,基因可变剪接,基因突变,非编码基因调控等。

叶绿体/线粒体基因组研究

叶绿体/线粒体基因组相对于核基因组具有独立的遗传进化体系,在分子标记的建立,物种鉴定,系统进化研究等领域广泛使用。

病原体检测分析

采用实验富集技术和高通量测序技术快速检测动植物病原体,无需分离培养。适用于病原体的检测鉴定,发生机制研究,与宿主间合作关系研究等。

计算与大数据

瑞科基因构建的Science Gene Engine(SGE)高性能生物信息数据分析集群,在长达五年的使用中,稳定支持高强度的数据分析工作。瑞科基因结合云计算技术,建立适用于生命科学研究使用的数据多种分析平台,简化操作流程,让您专注于生命科学研究。

万株水稻基因库

私有数据比对检索系统

CRISPR/Cas9 DSDecode Sys